Классифицируют грибы по виду спор (они возникают половым или бесполым путем) и строению специальных спороносных структур, а так же подразделяют на несъедобные грибы и съедобные. Иерархический ранг грибных таксонов классифицируется стереотипными завершениями, рекомендованными для этих организмов интернациональными правилами ботанической номенклатуры.

       У высочайших по рангу таксонов внутри царства грибов — отделов (они эквивалентны "типам" у животных) — обязано быть завершение -mycota, а у подотделов (вторых в иерархии) -mycotina. Далее по убывающей идут по стопам классы (-mycetes), порядки (-ales) и рода (-aceae) Стандартизированных завершений у родов и видовых эпитетов не предусмотрено.

       Относительно элементов классификации грибов из числа микологов сберегаются разногласия, и одинаковые категории имеют все шансы у различных авторов объединяться, разделяться либо менять свой иерархический ранг. Впрочем в настоящий момент в общем принято не относить к "настоящим грибам" (отдел Eumycota) слизевики и ряд иных "проблематичных" форм, а из числа первых обыкновенно различают 5 подотделов: Mastigomycotina, Zygomycotina, Ascomycotina, Basidiomycotina и Deuteromycotina.

       Mastigomycotina ("жгутиковые грибы") Это как правило водные организмы, образующие при бесполом размножении подвижные жгутиковые споры (зооспоры) Как следует из отличительных черт зооспор (количества и месторасположения жгутиков), выделяют 3 класса, из коих более известен класс оомицетов (Oomycetes) К нему относится, например, порядок сапролегниевых (Saprolegniales), называемых кроме того "водными плесенями" Они наносят финансовый урон, паразитируя на рыбах и их икре. Эти грибы нередко образуют заметный невооруженным глазом бахромчатый мицелий на плавающих в реках и озерах тушках дохлой рыбы. К оомицетам относятся кроме того возбудители небезопасных заболеваний растений, включаемые в роды Pythium, Phytophthora и Peronospora. Виды Pythium вызывают на слабо дренируемых основах корневую гниль всходов и сосудистый некроз побегов, нередко становясь серьезной задачей в питомниках и парниках. Вид Phytophthora infestans широко известен как первопричина "картофельной чумы", приводящей к широкомасштабной гибели данной культуры и вызвавшей в 1845-1847 ужасный аппетит в Ирландии: он урезал общественность державы наиболее чем на 1,5 млн. человек и дал почву глобальной миграции ее обитателей в Северную Америку. Виды Peronospora и ближайших родов — возбудители т. н. ложной мучнистой росы, наносящей серьезный ущерб посевам лука, латука и ряда иных культур.

       Zygomycotina. Это наземные грибы, бесполое размножение коих идет с образованием неподвижных спор (апланоспор), а половое — путем слияния вырастающих на мицелии "половых органов", называемых гаметангиями. Апланоспоры созревают в мешковидных структурах — спорангиях и у ряда видов с мощью выбрасываются из них в воздух. При половом размножении соединение и смешивание содержимого гаметангиев приводят к образованию толстостенной зигоспоры, прорастающей в последствии более-менее долгого периода покоя. Более известны в этом отделе семейство Mucor и ближайшие к нему грибы, много представленные в основе, на навозе и на иных органических остатках, нередко увеличивающиеся повторяющий вид пушистого налета на сыром хлебе и гниющих плодах. Строение спорангиев и прием становления зигоспоры широко варьируют и работают основой для выделения разных таксонов. Почти все адепты этого подотдела гетероталломны, т. е. половой процесс и образование зигоспор вероятны у них лишь встретившись особей одного вида, имеющих отношение к разным "половым типам" (они классифицируются + либо -) Их "межполовые" отношения координируются специальными выделяемыми в находящуюся вокруг среду препаратами гормональной природы. Присутствие 2 половых типов отражено в названии подотдела, образованном от греч. zygom - "пара".

       Ascomycotina (сумчатые грибы) Это исключительно просторная категория грибов, отличающаяся от остальных определенным типом половых спор — аскоспор, коие возникают внутри мешковидной клетки, называемой сумочкой, либо аском (от греч. askos — "мешок") Обыкновенно в аске созревает 8 аскоспор, хотя исходя из вида грибов их имеет возможность там быть от одной до тыс. с ненужным. Тесно упакованные аски (часто вперемешку со стерильными нитями) образуют спороносный слой, именуемый гимением. У основной массы сумчатых грибов он присутствует внутри своеобразного скопления гиф — плодового тела, либо аскокарпа. Это трудно устроенные структуры, на отличительных чертах коих во многом строится классификация адептов этого подотдела. Основная масса сумчатых грибов образует кроме того бесполые апланоспоры, именуемые конидиоспорами либо просто конидиями (от греч. konis — пыль, и idion — уменьшительный суффикс, т.е. "крохотная пылинка") Конидии созревают или на обыкновенных основополагающих тело гриба (соматических) гифах, или на специальных гифах-подставках (конидиеносцах).

       Сумчатые грибы занимают большое колличество экологических ниш. Они встречаются в основе, в морях и пресных водоемах, на разлагающихся остатках животных и растений. Много в их числе и небезопасных патогенов, вызывающих разные заболевания растений и животных.

       Традиционно этот основной подотдел грибов делят на 5 классов: Hemiascomycetes, Plectomycetes, Pyrenomycetes, Discomycetes и Loculoascomycetes, впрочем выход в свет свежих электронномикроскопических данных и последствия типирования ДНК (анализа генетического материала) наводят на мысль про то, что эта схема классификации не отображает настоящие эволюционные связи.

       Hemiascomycetes (голосумчатые) Эти грибы характеризуются "голыми", т. е. не заключенными в плодовые тела, асками. знаменитые из числа голосумчатых — дрожжи. Пекарские дрожжи (Saccharomyces cerevisiae) применяются в хлебопечении и для т. н. верхового брожения (гриб всплывает на плоскость жидкости) при производстве вина и эля. Иной вид, S. carlsburgensis, гарантирует низовое (идущее в толще жидкости) брожение в пивоваренной индустрии. Candida albicans — небезопасный паразит человека, вызывающий т. н. кандидозы, даже молочницу ротовой полости и влагалища. У людей с ослабленной иммунной системой этот вид нередко распространяется по всему организму и имеет возможность представлять угрозу для жизни.